Un caso singular fue el del oidor Vasco de Quiroga, que dirigió su labor evangélica en Michoacán y Tlaxcala al progreso de las poblaciones aborígenes. La formación humanista de este sacerdote, como la de muchos misioneros, llevó a algunos a tratar también de proteger al indígena frente a los abusos de conquistadores y encomenderos, por lo que apoyaron una política paternalista. Aunque abundaron los religiosos que llegaron a justificar las tropelías de los invasores europeos, otros, como el franciscano Jerónimo de Mendieta, por ejemplo, denunciaron la terrible situación de los aborígenes; y algunos, como Antonio de Remesal y, sobre todo, Bartolomé de Las Casas, ambos dominicos, condenaron con energía los excesos de la colonización. Inclusive en la famosa controversia doctrinal de mediados del siglo xvi,sostenida por este último en Valladolid con Ginés de Sepúlveda –quien legitimaba la explotación aborigen siguiendo una vieja tesis aristotélica–, el cronista dominico no solo ofreció una visión idílica del mundo indígena, sino que también, sin proponérselo, inauguró la leyenda negra de la conquista española de América con su conocido opúsculo Brevísima relación de la destrucción de las Indias (1552).